Святитель Иннокентий ежегодно приезжал в Тавриду, иногда дважды за лето. В 1851 году он вновь посетил источник Космы и Дамиана, а от него поднялся на Чатыр- Даг, где ночью в одиночестве молился. 24 ноября 1851 года владыка назначил попечителей источника святых Космы и Дамиана — настоятеля алуштинской церкви Феодора Стратилата отца Димитрия Черняева и старосту купца Андрея Коротенко. В конце декабря они отправились туда верхом на лошадях. Было холодно, в горах лежал снег, на котором отпечатались следы диких животных, обитавших в горах, — оленей и диких коз. Благополучно добравшись до места, абсолютно пустынного и безмолвного в это время года, отец Димитрий отслужил водосвятный молебен у источника.
В апреле 1853 года указом Таврической духовной консистории было определено «открыть на сем месте пустынножительство, без всякого пособия от казны, с условием содержания обители на доброхотные подаяния богомольцев, посещающих ее». Открытие киновии откладывалось, поскольку не было подходящего человека на должность строителя и первого настоятеля. После окончания военных действий в Крыму, в июле 1856 года, из Бахчисарайского Успенского скита к космодамиановскому источнику были направлены первые насельники киновии — иеромонах Макарий (впоследствии первый монастырский игумен) и монах Игнатий.
Родился игумен Макарий (в миру Михаил Пруцкий) в Белгороде в семье офицера в 1816 году. Учился в Белгородском уездном училище. С юности испытывая тягу к иночеству, в 1845 году стал послушником Глинской пустыни. Через пять лет он подает прошение о поступлении в одну из киновий, открываемых Херсонским архиепископом Иннокентием. 1 июня 1848 года был принят в Херсонскую епархию и до времени открытия Бахчисарайского скита был насельником Корсунского Богородичного монастыря Днепропетровского уезда Таврической губернии, где был посвящен в иподиаконы. 30 апреля 1850 года, после открытия Успенского скита, он получил указ о своем переводе туда и стал одним из первых послушников. Нес клиросное послушание и в то же время трудился на земляных работах, в трапезной, просфорне, был каменотесом и строителем.
4 апреля 1853 года принимает монашеский постриг с именем Макарий. Вскоре был рукоположен во иеродиакона, затем во иеромонаха.
Он сблизился со странником Иоанном, который до открытия скита жил в одной из пещер, круглый год ходил босым, без шапки и почти в рубище. Жизнь в монастыре была тяжелой, но инок Макарий находил в себе силы еще и подражать подвижнику.
Был случай, когда отец Макарий во время строительных работ оступился и едва не сорвался со скалы. По счастью, рядом оказался настоятель, который спас его от смерти, удержав за одежду. В другой раз во время гололеда, выходя из пещерной церкви, он поскользнулся на каменной лестнице, упал и ударился так сильно, что горлом хлынула кровь. Отец Макарий долго болел, с тех пор у него начались одышка и боли в груди.
Во время Крымской войны иеромонах Макарий был направлен во временные госпитали Бахчисарая, оставшиеся без священников, — военные священники не покидали своих полков, следуя за ними. Он не отходил от раненых и больных, стараясь облегчить их страдания: исповедовал, причащал, утешал и ободрял, отпевал умерших. За усердие в службе он был награжден набедренником.
После войны отец Макарий все свои силы отдает устройству киновии Космы и Дамиана. Долгое время он был единственным в киновии иеромонахом, но, несмотря на это, Божественная литургия совершалась ежедневно, если он находился в обители и был здоров. Своей вдохновенной молитвой отец Макарий увлекал даже самых равнодушных. Любил сам читать шестопсалмие, акафисты на молебнах. Голос у него был приятный, чтение внятное, неспешное, проникнутое глубоким чувством благоговения. Обладая прекрасной памятью, он читал наизусть Евангелие и многие молитвы иноческого правила.
Жители окрестных селений хорошо знали отца Макария, они нередко бывали в монастыре и встречались с ним в лесу и на дорогах. Часто общаясь с греками и татарами, он вскоре достаточно свободно овладел их родными языками.
Отец Макарий трудился здесь почти 20 лет, до самой смерти. Здоровье его было подорвано непосильной работой. Уже в 57 лет он так ослабел, что мог еда ходить. Отдохнув несколько дней, превозмогая себя, он вновь принимался за дело. День ото дня ему становилось все хуже. В августе 1876 года уехал в Симферополь и поступил в больницу. 15 сентября, почувствовав приближение смерти, отец Макарий исповедовался, соборовался и причастился Святых Тайн. Через три дня в 4 часа утра он отошел ко Господу.
Отпевал игумена Макария в кафедральном Александро-Невском соборе архимандрит Арсений (Брянцев), ректор Таврической духовной семинарии. В своей проповеди он отметил, что у гроба почившего игумена народу собралось, как на Пасху.
После чина погребения прах усопшего переправили в Космо-Дамиановскую киновию, где он и был похоронен в притворе храма Преображения Господня.
В 1880 году на его могиле, огражденной чугунной решеткой, возложили большую мраморную плиту с надписью: «На сем месте покоится прах игумена Макария, первого строителя Космо-Дамиановской киновии. Игумен Макарий родом из обер-офицерских детей г. Белгорода Курской губернии, в мире именовался Михаил Пруцкий. Всего жития его было 61 год. Скончался 18 сентября 1876 года. Мир праху твоему. Устроися сия доска с написанием биографии игумена Макария от помнящих его и за все благодарных ему. 1880 года марта 30 дня от братьев Панченко».
