На Херсоно-Таврическую кафедру 24 февраля 1848 года был назначен архиепископ Иннокентий (Борисов). Здесь он оставался и трудился до конца своих дней. Его назначение на кафедру пришлось на трудный период крымского православия. Тогда господствующей религией в Тавриде было мусульманство, а местные святыни находились в печальном запустении. На долю нового владыки выпала серьезная и благородная миссия — восстановление древних церковных святынь. Любой рассказ о крымских обителях непременно нужно начинать с упоминания его имени. Оно сияет среди имен многих выдающихся пастырей Тавриды особенно ярко. Современники называли владыку Иннокентия «звездой отечества» и «русским Златоустом». Член Святейшего Синода, академик Императорской академии наук, почетный член С.- Петербургской, Московской и Казанской духовных академий, доктор богословия (издал более 20 богословских трудов), талантливый историк, блестящий оратор, прекрасный организатор, он более четверти века имел большое влияние на ход церковной жизни в стране и, в частности, на восстановление и устройство в Тавриде святых обителей. В этом деле сразу же проявилось его духовное единение со здешней паствой, ее нуждами и желаниями.
Присутствование в Святейшем Синоде в первое время не позволяло владыке Иннокентию отдавать новой пастве все свое время. Но, прибывши в Одессу 29 мая 1848 года, уже летом этого года он успел, несмотря на свирепствовавшую тогда на юге холеру, осмотреть значительную часть своей епархии и, в частности, Тавриду, где ясно увидел ее духовные нужды. Архиепископ Иннокентий обратил внимание на обилие разрушенных христианских храмов и, несмотря на трудности путешествия по горам Крыма, посетил многие из этих мест, а также те святые места, которые наиболее чествовались народом. В это время он побывал и у источника свв. бессребреников и чудотворцев Косьмы и Дамиана, у верховьев речки Альмы.
Посещая города и большие селения Таврического полуострова, незабвенный архипастырь всегда горячо призывал местное православное население к восстановлению древних крымских святынь, напоминая при этом, что недостаточно только в определенные дни в году посещать эти места, а необходимо позаботиться о возрождении памятников веры и созданию в них обителей, в которых бы всегда славилось имя Божие.
Православные Крыма с полным пониманием отнеслись к призыву владыки и незамедлительно пошли навстречу ему в этом благородном деле. 9 августа 1849 г. жители Симферополя, Бахчисарая, Алушты и прочих соседних городов и селений обратились с прошением «…принять меры к постепенному восстановлению древних святынь в приличном виде, хотя бы по главнейшим местам, где доселе бывает по временам стечение православного народа. Нам представляется начать сие святое дело учреждением в Успенской, близ Бахчисарая, скале центрального монастырского скита. За сим мы желали бы видеть восстановленными и защищенными от конечного разрушения и другие примечательнейшие храмы и места», в числе которых указывается и «…источник святых бессребреников Косьмы и Дамиана, по речке Альме. В сих местах могли бы устроиться небольшие киновии в зависимости от скита Успенского, дабы таким образом, сообразно природному свойству здешних мест, похожему на известную во всем мире христианском гору Афонскую, на горах крымских мог составиться со временем наш русский Афон, для пристанища многим душам, кои, ища безмолвия, оставляют отечество и текут в монастыри Афона.
По извещении об этом крымских жителей, не замедлят явиться люди с посильными приношениями на сие благое дело, так что оно, как надеемся, не остановится при благословении Божием за недостатком материальных средств». Это ходатайство, встретившее полную поддержку князя М. С. Воронцова, владыка Иннокентий в ноябре того же 1849 года со своей запиской представил в Св. Синод с испрошением соизволения императора «учредить из всех священных мест Крыма одно иноческое братство, коего сосредоточием будет скала Успенская, под именем Успенского скита, прочие же священные урочища с их церквами и часовнями будут почитаться его отраслями под названием киновий. В самом главном ските достаточно быть одному авве, с иеромонахом, иеродиаконом и тремя послушниками. Прочие киновий будут каждая под начальством одного старца-иеромонаха и двух-трех послушников, лет, сколько возможно, пожилых и поведения испытанного. Таким образом, всего монашествующих лиц потребуется не более девяти. Прочие же лица при них могут быть и непостриженные в монашество, но истинно монашеской жизни старцы, числом не более двадцати.
Епархиальное начальство примет меры, чтобы у каждого из пустынников было сообразное его нраву и способностям занятие. Кто может, пусть занимается собиранием исторических преданий и описанием древностей; другие — пусть посвящают свободное время на писание святых икон; третьи — на собирание целебных трав и подаяние помощи болящим; четвертые — на прием и путеводительство странников; пятые — на выращивание винограда и плодов и так далее. Гостеприимство путешествующих, кто бы он ни был, должно быть одной из первых добродетелей у всех пустынножителей.
Содержание же лиц предполагаемого братства монашеского, по их не многочисленности, по их образу жизни пустынному, не будет требовать значительных расходов от правительства. На это пойдут в основном приношения от богомольцев и посетителей, а также вклады от ревнителей благочестия на поддержание святых мест. Между тем, никто не принуждает нас предполагаемые к открытию святые места открыть все сразу: дело может и должно идти постепенно, сообразно с средствами. Таков вкратце план будущего Афона. От казны — ничего, все от Бога!»
В числе прочих испрашивалось разрешение и на открытие киновии у источника святых бессребреников Косьмы и Дамиана, находящегося при верховьях реки Альмы. «Урочище сие почитается священным, а источник целебным. Место теперь пустынно и не представляет ничего, кроме неискусно обустроенного источника и грубых купален. Для приведения его в приличный вид нужно здесь устроить: 1) часовню над колодезем; 2) две удобных купальни, для мужчин и женщин особо; 3) две келии для помещения благочестивых старцев и хотя бы одну комнату для посетителей. Для этого необходимо склонить министра государственного имущества на уступку в пользу церкви небольшого количества земли, дабы окрестность свято чтимого народом источника с часовней не подлежала порубке леса и порче от пастухов».
И вот 4 мая 1850 г. вышел Указ Св. Синода, в котором говорилось, что 15 апреля того же года последовало высочайшее соизволение императора Николая I на открытие Бахчисарайского скита с киновиями, в числе которых указывается и киновия у источника святых бессребреников Косьмы и Дамиана. В синодальном указе по этому поводу также было сказано следующее: «Св. Синод находит, что мысль о восстановлении и ознаменовании церковными учреждениями вышеупомянутых мест на Таврическом полуострове заслуживает одобрения; что равномерно заслуживает одобрения и предполагаемый способ восстановления оных учреждением в них малочисленных монашеских пустынножительств, так как сие соответствовало бы старинным благочестивым обычаям русского монашества. Предлагаемое учреждение заменит безгласные развалины священными пристанищами для путешественников и удовлетворит нравственные потребности в пределах отечества тех людей, которые по особенному расположению к подвижнической жизни ищут себе приюта в монашеском общежитии. По сим соображениям Св. Синод определил: предложение Херсонского епархиального начальства об открытии Бахчисарайского скита с подчиненными ему киновиями (в том числе и Косьмо-Дамиановской при источнике свв. Косьмы и Дамиана) и с учреждением общежительного образа жизни по примеру Афонскому с применением к местным условиям, в общем его смысле одобрить».
Во исполнение сего указа, 15 августа 1850 года был открыт Бахчисарайский Успенский скит, который предназначался быть начальной Лаврой для всех будущих скитов крымских. Другие святыни решили открывать постепенно, по мере появления средств.
В конце 1850 года архиепископ Иннокентий вышел с ходатайством об отводе 4 десятин земли около источника свв. Косьмы и Дамиана для учреждения там Косьмо-Дамиановской киновии. Бывший министр государственного имущества граф Киселев 21 марта 1851 года уведомил владыку Иннокентия, что 19 марта этого же года получено императорское согласие на отвод этой земли. 11 августа 1851 года, как сообщил консистории бывший благочинный крымских церквей протоиерей Михаил Родионов, для устройства Косьмо-Дамиановской киновии из лесной казенной дачи было отмежевано 4 десятины земли.
Архиепископ Иннокентий ежегодно обязательно посещал Тавриду, иногда он приезжал два раза на лето. Несмотря на слабое здоровье, владыка нередко предпринимал нелегкие путешествия по крымским дорогам. Где можно было, перемещался в экипаже, иногда сам ехал верхом, иногда шел и пешком, чтобы лично побывать в самых диких и неприступных местах Крыма — там, где находились остатки древних христианских святынь. В 1851 г. посетил он и источник Косьмы и Дамиана, а от него поднялся на Чатыр-Даг, где в полночь одиноко молился. Он мечтал воздвигнуть храм и здесь.
24 ноября 1851 года архиепископ Иннокентий назначил бывших при церкви Федора Стратилата г. Алушты настоятеля — священника Дмитрия Черняева и старосту — купца Андрея Коротенко попечителями источника святых Косьмы и Дамиана.
29 декабря 1851 года они и отправились верхом на лошадях к источнику. Приехали туда в 10 часов утра. Было холодно — юмпература воздуха не более — 2°С. Правда, снега лежало для них мест немного — около четверти аршина. По дороге следов мюдских они не видели, но следов оленей и диких коз встретили множество. Место путникам показалось каким-то безмолвным и пустынным. Отец Дмитрий отслужил у источника водосвятный молебен, молясь Господу Богу и святым угодникам Косьме и Дамиану о здравии царя и православных христиан, после чего имеете со своим спутником возвратился в Алушту.
Вскоре, 3 апреля 1853 года, Указом Таврической духовной консистории было определено: «…открыть на сем месте пустынножительство, без всякого пособия от казны, с условием содержания обители на доброхотные подаяния богомольцев, посещающих ее».
Но, несмотря на соответствующее разрешение, открытие Косьмо-Дамиановской киновии откладывалось по той причине, что не было пока подходящего назначения на должность строителя и первого настоятеля этой святой обители.
А в 1853 году началась Крымская война, длившаяся до весны 1856 года. Она тоже отодвинула сроки открытия Косьмо- Дамиановского монастыря. На месте будущей киновии некоторое время находился военный наблюдательный аванпост, а внизу по течению Альмы, в ущелье между горами, устроены были баррикады из строевого букового леса и камня.
В эти тяжелые для Крыма дни владыка Иннокентий неоднократно посещал Таврический полуостров для преподания духовного утешения и ободрения своей пастве. Мысль об открытии киновии и в это время не покидала его, напротив, он еще с большей настойчивостью стремился к ее осуществлению в уверенности, что никакие враги не смогут отторгнуть Крым от нашего отечества, с которым он соединен неразрывными узами православной веры и древних христианских традиций. 30 июня 1855 года владыка вновь побывал у источника свв. бессребреников Косьмы и Дамиана, а 1 июля, вдень их памяти, служил литургию в Симферополе, в кафедральном соборе Александра Невского. В своей проповеди после службы он, в частности, сказал: «Ныне день святых бессребреников Косьмы и Дамиана, издревле почитаемый от всея Церкви Православной, но тем паче имеющий право на особенное уважение в стране Таврической. Ибо древнее предание сказует, что сии врачи- чудотворцы посетили некогда и озарили чудесами своими и здешний полуостров, будучи сосланы сюда на заточение от кесаря римского. Среди гор Таврических есть доселе целебный источник, носящий имя святых Косьмы и Дамиана, который изведен из земли, по свидетельству того же предания, их молитвами. Памятуя сие, мы, несмотря на трудность нынешних обстоятельств (разгар Крымской войны 1853-1856 гг.) и неудобства пути, посетили вчера это священное место и снова воздали там хвалу Тому, Чья всемогущая десница преукрасила его так дивно. Ибо это одно из самых пустынных и величественных мест между горами Таврическими, кои вообще столь богаты живописными местоположениями. Вообразите сошедшимися три из самых высоких гор и образовавшими среди себя грозное ущелье; вообразите их покрытыми от подошвы до вершины разными древами и зеленью; вообразите, что из главного между сими горами ущелья, также покрытого лесом, стремится с ревом поток Альмы, а за малым утесом из бока горы бьет огромный ключ и вскоре соединяется с сим потоком: этот ключ — источник свв. Косьмы и Дамиана. Место это освящено пребыванием столь великих угодников Христовых, каковые были свв. Косьма и Дамиан, и не только освящено, но представлено благодарственному вниманию всех родов грядущих, через изведение на нем целебного источника.
Несмотря на великую степень холода воды в нем, которую можно назвать холодным кипятком, приходящие туда богомольцы с благоговением пьют (в возможно большем количестве, ибо она крайне вкусна) эту воду и погружаются в нее для купания. Сильный холод объемлет при сем человека и, кажется, проходит до костей и самых мозгов. Но среди сего, по- видимому. небезопасного действия воды и подается многим недужным исцеление.
Безмолвно и пустынно было место сие, когда я впервые посетил его семь лет назад (в 1848 году). Святость воспоминаний, благодатное свойство источника, величественность местоположения тотчас возбудили во мне особенное внимание и благоговение к сему необыкновенному месту. Если где, думал я, то в подобных ущельях гор место обителям иноческим, и предположил, если угодно будет Богу, устроить киновию во имя свв. бессребреников Косьмы и Дамиана. Св. Синод не замедлил преподать благословение на сию мысль, а благочестивый государь наш Николай I не только запечатлел наше предложение своим державным словом, но и удостоил знать все предания, связанные с сим местом, которые были собраны и представлены ому через оберпрокурора Св. Синода Николая Александровича Протасова.
Оставалось приискать вещественные средства к благоустроению святого места, и, может быть, мы долго не возмогли бы их найти, если бы сами бессребреники не позаботились о том. Туне приявшие дар исцелений, они туне и подали его одному из здешних сограждан от болезни, казавшейся неисцельною».
Имелось в виду то, что симферопольский купец 1 -й гильдии, потомственный почетный гражданин, староста кафедрального Александро-Невского собора в Симферополе Иван Потапович Санютин, который долгое время страдал от лихорадки, нервного расстройства и слабости всего организма, после купания в источнике свв. Косьмы и Дамиана исцелился, и тогда поставил над источником сруб с образом святых. В благодарность угодникам Божьим этот достойнейший человек также дал обет выстроить малую церковь над источником с двумя купальнями, а вблизи них несколько келий, как для жительства иночествующих, так и для приходящих паломников (чем, собственно говоря, положил начало строительству обители). Прежде всего, в Косьмо-Дамиановской киновии были устроены помещения для богомольцев. Разрешение на открытие этой киновии последовало, но ни братии, ни настоятеля еще не было. Как и прежде, приходили сюда в летние месяцы многочисленные богомольцы.