В 1848 году Херсоно-Таврическую епархию возглавил архиепископ Иннокентий (Борисов). Здесь трудился он до конца своих дней, много сил отдавая нелегкому, но такому необходимому делу — восстановлению древних церковных святынь. Он продолжил дело, начатое архиепископом Гавриилом (Розановым), который занимался исследованием и описанием памятников старины в Крыму.
Владыка Иннокентий был членом Святейшего Правительствующего Синода, академиком Императорской Академии наук, доктором богословия, почетным членом Санкт- Петербургской, Московской и Казанской Императорских духовных Академий, Московского, Санкт-Петербургского и Харьковского университетов, различных научных обществ, блестящим проповедником и историком, автором 26 печатных трудов. Современники называли его «звездой Отечества» и «русским Златоустом».
Исключительно ему обязан Крым возрождением христианских обителей. Его неусыпными трудами и заботой в Крыму открыты четыре киновии и два скита по «чину и подобию Афонской горы»: Херсонесский св. Владимира, Инкерманский святителя Климента, Кизилташский святителя Стефана Сурожского, Катерлезский св. великомученика Георгия, Бахчисарайский Успенский с Анастасиевским скитом и обитель святых Космы и Дамиана.
Архипастырь призывал христиан к восстановлению своих древних святынь. «Недостаточно, — говорил он, — приходить сюда только в памятные дни. Необходимо возродить старые храмы, создать новые, в которых бы всегда славилось имя Божие». Православные Крыма деятельно поддержали владыку. В 1849 году жители Симферополя, Бахчисарая, Алушты и других населенных пунктов направили архиерею прошение «принять меры к постепенному восстановлению древних святынь… хотя бы по главнейшим местам…
Речь шла и об открытии киновии у источника святых,бессребреников Космьмы, и Дамиана. «Урочище сие, — говорится в прошении, — почитается священным, а источник Целебным. Место теперь пустынно и не представляет ничего, кроме неискусно обустроенного источника и грубых купа лен. Предполагалось «здесь устроить: 1) часовню над колодезем; 2) две удобных купальни, для мужчин и женщин, 3) две келии для помещения благочестивых старцев и хотя бы одну комнату для посетителей». Но прежде предстояло решить вопрос о передаче этой части земли церкви, чтобы она не использовалась для вырубки леса и как пастбище.
4 мая 1850 года вышел Указ Святейшего Синода, в котором говорилось о высочайшем соизволении императора Николая I на открытие Бахчисарайского скита и киновий, в том числе и Космо-Дамиановской при источнике святых Космы и Дамиана «с учреждением общежительного образа жизни по примеру Афонскому с применением к местным условиям». «Предлагаемое учреждение, — говорилось в Указе, — заменит безгласные развалины священными пристанищами для путешественников и удовлетворит нравственные потребности… тех людей, которые по особенному расположению к подвижнической жизни ищут себе приюта в монашеском общежитии».
В 1853 году началась трехлетняя Крымская (Восточная) война. В эти трагические дни архипастырь многократно бывал на полуострове, стараясь ободрить и утешить свою паству. 30 июня 1855 года владыка Иннокентий побывал у святого источника святых братьев-целителей, а 1 июля, когда Церковь празднует их память, служил Божественную литургию в Симферополе в кафедральном соборе Александра Невского. В своей проповеди после службы он сказал: «Ныне день святых бессребреников Космы и Дамиана, издревле почитаемый от всея Церкви Православной, но тем паче имеющий право на особенное уважение в стране Таврической. Ибо древнее предание сказует, что сии врачи-чудотворцы посетили некогда и озарили чудесами своими и здешний полуостров, будучи сосланы сюда на заточение от кесаря римского. Среди гор Таврических есть доселе целебный источник, носящий имя святых Космы и Дамиана, который изведен из земли… их молитвами. Памятуя сие, мы, несмотря на трудность нынешних обстоятельств (разгар Крымской войны) и неудобства пути, посетили вчера это священное место и снова воздали хвалу Тому, Чья всемогущая десница приукрасила его так дивно. Ибо это одно из самых пустынных и величественных мест между горами Таврическими, кои вообще столь богаты живописными местоположениями. Вообразите сошедшимися три из самых высоких гор и образовавшими среди себя грозное ущелье; вообразите их покрытыми от подошвы до вершины разными древами и зеленью, вообразите, что из главного между сими горами ущелья, также покрытого лесом, стремится с ревом поток Альмы, а за малым утесом из бока горы бьет огромный ключ и вскоре соединяется с сим потоком; этот ключ — источник святых Космы и Дамиана. Место это освящено пребыванием столь великих угодников Христовых, каковыми были святые Косма и Дамиан, и не только освящено, но представлено благодарственному вниманию всех родов грядущих через изведение на нем целебного источника…
Оставалось изыскать средства на строительство киновии. И, как сказал владыка, «сами бессребреники позаботились о том». Получивший исцеление купец И.П.Санютин положил начало строительству монастыря. В 1997 году архиепископ Херсонский и Таврический Иннокентий (Борисов) причислен к лику святых. Ныне предстоит он Господу в незаходимой славе Небесной, ходатайствуя перед Всевышним за крымские обители, которым при земной своей жизни отдавал все свои силы. 14 апреля 2005 года из Одессы в монастырь была передана частица мощей святителя Иннокентия.
