С присущими ему ревностью о славе Божией, энергией и хозяйственным талантом отец Макарий с немногочисленными помощниками принялся обустраивать высоко-горную киновию. Каждый участок земли для постройки необходимых помещений приходилось отвоевывать у леса и гор киркой и заступом. Срубленные деревья переносились ими на своих плечах, так как пересеченная местность, крутизна гор и теснота ущелий не позволяли использовать ни лошадей, ни волов, которых, впрочем, у киновитов и не было. Недоставало денег, провизии, трудились от зари до зари. Но обстановка неустроенности не подавляла насельников, вдохновляемых примером отца Макария, которого любили и уважали все, знавшие его.
Их задачей было — возведение небольшой деревянной церкви по рисунку, переданному владыкой Иннокентием, к чему они сразу и приступили. Пока шло строительство, на молитву сходились в одну из комнат существовавшей там странноприимницы. Пели вечерню, повечерие, полунощницу, утреню, часы — правило исполнялось неукоснительно, несмотря на тяжесть строительных и прочих трудов по устройству обители. Отца Макария беспокоило, что негде было служить литургию, потребность в которой особенно ощущалась в воскресные и праздничные дни, и он делал все возможное, чтобы ускорить строительство. Православные Крыма не остались равнодушными к благому начинанию, щедрые пожертвования приходили отовсюду. Многие, получившие исцеление, передавали утварь для будущего храма, жертвовали все необходимое для будущей обители. Строительство пошло более быстрыми темпами и было близко к завершению, однако, к великому сожалению, святитель Иннокентий не дождался этого желанного события — 26 мая 1857 года, в день Святой Пятидесятницы, он мирно окончил свою пастырскую жизнь И был погребен в Одессе в кафедральном соборе.
На Херсоно-Таврическую кафедру был назначен архиепископ Димитрий (Муретов). Уроженец Рязанской губернии, сын священника, он окончил Киевскую Духовную Академию. Профессор богословия, с 4 февраля 1838 года он был инспектором Киевской Академии, а с 24 апреля 1841 года её ректором. 23 декабря 1850 года был хиротонисан во епископа Тульского, в 1857-м из Тулы переведён в Одессу.
31 июля 1857 года настоятель Бахчисарайского Успенского скита архимандрит Николай испросил у нового владыки разрешения на освящение первого маленького деревянного храма во имя святых бессребреников Космы и Дамиана. 5 сентября 1857 года состоялся чин освящения. 10 сентября этого же года иеромонах Макарий был назначен первым настоятелем, и таким образом Космо-Дамиановская киновия получила первое административное устройство.
Дорога заставляет задуматься человека, особенно избалованного современным комфортом. Идёте пешком — путешествие (восхождение) займет 3-4 часа, если вы будете сокращать путь и пользоваться едва заметными тропинками, убегающими вверх. Преодоление долгого пути по лесу в гору даёт время подумать о том, куда направляешь стопы свои и с чем придёшь к чистому святому источнику.
Наши предки верили: если паломник приходит к святыне пешком — святые принимают его как сына или дочь, а если приедет — как дорогого гостя. Поэтому и шли на богомолье пешком, часто всем семейством.
Вокруг обители на расстоянии 10 вёрст не было ни одного населенного пункта, ни вообще какого-либо жилья. Горные дороги, которые вели в монастырь, пролегали через густые леса и были чрезвычайно неудобны. Две из них — на деревни Дегерменкой (ныне с. Запрудное) и Биюк-Лам-бат (ныне с. Малый Маяк) -фактически являлись тропинками, которыми пользовались пешие паломники. Третья дорога, более удобная, шла из Алушты, по ней приезжали в основном верхом на лошадях или на мажарах. Самая удобная дорога проходила по берегу Альмы и выходила через Саблы (ныне с. Партизанское) к Симферополю. Тут можно было ехать экипажем, но тоже не без трудностей. Река неоднократно пересекала дорогу, а в её русло при сильных дождях и снеготаянии с гор скатывались каменные глыбы, что делало путь небезопасным, мешали выбоины, топкие места по берегам. Летом, особенно после сильных ливней, монахи чинили дорогу: расчищали её от камней, заваливали хворостом и валежником подтопленные места, укрепляли края опасных спусков. Благодаря стараниям братии в тёплое время года можно было без особых затруднений посетить монастырь, в том числе тяжело больным, престарелым людям и малым детям.
