На Таврическую и Симферопольскую кафедру 30 сентября 1898 года был назначен епископ Николай (Зиоров), бывший епископ Алеутский, возглавлявший ее без малого семь лет. С приходом владыки Николая в жизни Косьмо-Дамиановской обители наступили существенные перемены. Весной 1899 года, в ходе ознакомления с приходами и монастырями Таврической епархии, он побывал и в этой отдаленной киновии. После посещения Алушты владыка Николай, не отдыхая, сел в поданный экипаж и в сопровождении архимандрита Александра по Косьмо- Дамиановской дороге, около 6 часов пополудни, 1 мая 1899 года выехал в монастырь. Впереди следовал сопровождающий его от Гурзуфа становой пристав, а позади — два дьякона. Встреченный в монастыре всей братией, преосвященный расположился в покоях настоятеля, а на другой день уже в 5 часов утра прогуливался по монастырю, затем посетил царский домик, где и расписался в книге посетителей. Позже владыка служил обедню вместе с братией киновии. После служения последовало шествие преосвященного со всей братией в трапезную «со славой». Во время трапезы владыкой было сделано несколько указаний и поправок неточного выполнения монастырского устава.
Природа вокруг монастыря владыке понравилась. Он полагал, что климат здесь одинаков с абастуманским и что здесь прекрасное место для санатория. Владыкой также была высказана мысль, что в Косьмо-Дамиановскую киновию наиболее подходяще перевести женский монастырь, а монахов распределить по другим обителям. Топловский женский монастырь к тому времени был сильно перенаселен. И это. видимо, послужило одной из причин для такого преобразования.
Епископ Николай очень ревностно относился к чистоте иноческого жития, особенно усердно насаждал женское подвижничество и заботился об устроении в Крыму женских обителей, которых здесь было гораздо меньше мужских. Владыка направил представление по этому поводу в Святейший Синод. Уже 16 июля 1899 года Указом Св. Синода было постановлено:«Косьмо-Дамиановскую киновию обратить в общежительный того же наименования женский монастырь и назначить настоятельницей сего монастыря монахиню Топловской Троице-Параскевской общежительной обители м.Варсонофию с возведением ее в сан игумении».
В последовавшей по этому Указу Архипастырской резолюции от 22 июля 1899 года, в частности, говорилось:
1) Немедленно сообщить копии Указа Св. Синода от 16 июля сего года настоятельнице Топловского монастыря, о. Филадельфу с братией и благочинному монастырей архимандриту Исидору.
2)Предложить м. Варсонофии, иеромонаху Филадельфу и архимандриту Исидору списаться между собой, когда сделать сдачу и прием монастыря, дабы мы могли командировать от себя для участия в сем деле члена консистории.
3)О. Филадельф должен приготовить к сдаче все книги, описи, капиталы и имущество, а м. Варсонофия, по соглашению с игуменьей Параскевой, должна выбрать не менее 25 сестер для своего монастыря из состава Топловской обители. При этом Топловская обитель должна снабдить их всем необходимым из одежды и дать лошадей для переезда в Косьмо-Дамиановскую обитель. О. Филадельф должен представить рапорт, кто куда из братии желает перейти на жительство. Со своей стороны я предлагаю переселиться по преимуществу в Херсонесский монастырь, ибо там всей братии теперь 35 человек, — далее в Катерлез и в Кизилташ.
4) М. Варсонофия вместе с архимандритом Исидором изберут из наличного братства духовника для своей обители, а также оставят иеромонаха для церкви, принадлежащей монастырю в Перекопском уезде.
5) Привести все это поскорее в исполнение пока тепло и в последующем дать мне знать, дабы я мог навестить сию обитель и возвести м. Варсонофию в сан игуменьи».
Указом Таврической Духовной Консистории от 23 июля 1899 года казначея Топловского женского монастыря матушка Варсонофия была назначена настоятельницей Косьмо- Дамиановского женского монастыря. Через неделю она во главе двадцати пяти сестер прибыла к своему новому месту жительства. Выезжавшие туда 31 июля 1899 года по поручению владыки Николая член консистории священник Николай Шпаковский и секретарь консистории Н. Н. Николаев, приняли все монастырские постройки и инвентарь от бывшего настоятеля отца Филадельфа и братии киновии и передали монахиням во главе с настоятельницей матушкой Варсонофией и монастырским духовным правлением, в составе которого находились ризничая матушка Агния, казначея матушка Мария, исполняющая обязанности благочинной матушка Васса и исполняющая обязанности экономки матушка Иулиания. Что же касается братии мужского монастыря, то ее разместили по другим монастырям Таврической епархии: в Балаклавский Георгиевский, Херсонесский Владимирский и Кизилташский Сурожский. Для служения в Косьмо-Дамиановском монастыре временно оставлялись иеромонах Гурий и иеродиакон Досифей. Впоследствии, по просьбе настоятельницы матушки Варсонофии, для совершения богослужений в Косьмо- Дамиановский монастырь были назначены иеромонах Инкерманской киновии Климент и иеродиакон Корсунского монастыря Антоний.
Официально о преобразовании мужской киновии в женский монастырь было объявлено 1 августа 1899 года прочтением определения Св. Синода. Прощание братии друг с другом и с обителью было очень трогательным. В монастыре находились ведь и старцы, десятилетиями подвизавшиеся здесь и сроднившиеся всей душой с этим местом. Так, монах Феодосий прожил в Косьмо-Дамиановской киновии более 40 лет. Он пришел сюда молодым крестьянином и был подвержен страшным приступам эпилепсии; бывшие с ним родственники опустили его в святой колодезь во время сильнейшего пароксизма. Как только он был погружен в воду, судороги мгновенно прекратились, и он сам вышел из купальни, тогда как прежде не мог сделать ни одного шага без посторонней помощи. С тех пор страшный недуг к нему более не возвращался. После чудесного исцеления он решил остаться в обители и посвятить всю свою жизнь служению Господу Богу. Не было послушания, которого бы он не перенес с терпением и любовью. Оставаясь всегда довольным и спокойным, он своей кротостью и молчаливой сосредоточенностью служил примером для всей братии. Прийдя в обитель 28-летним, он оставлял ее старцем, еле передвигающим ноги. А полуслепой монах Пахомий прожил в киновии более 33 лет. Монах Павел и монах Иеремия находились здесь более 10 лет. Для них расставание с обителью и друг с другом было большим ударом. Молодые монахи и послушники расставались довольно спокойно.
Прощались братия с киновией и друг с другом 1 августа. В этот день в последний раз они соборне отслужили обедню, во время которой был освящен новый прекрасный иконостас, сделанный в Москве для мужской обители по заказу известного благотворителя Косьмо-Дамиановской киновии, потомственного почетного гражданина, комерц-советника Николая Дмитриевича Стахеева. После обедни все монастырское имущество было по описи сдано и к вечеру того же 1 августа в полное заведывание и распоряжение обителью вступила матушка Варсонофия с сестрами. Таким образом, с 1 августа 1899 года в истории Косьмо- Дамиановского монастыря начался новый период.
6 августа в монастыре праздновался храмовый праздник Преображения Господня. В этот день здесь впервые было совершено торжественное богослужение, как в женской обители. На клиросе пел хор монахинь. Преобразованный, теперь уже женский монастырь принимал праздничные поздравления от прибывших паломников-богомольцев и гостей обители.
В начале сентября в обители ожидался приезд преосвященного Николая для благословения инокинь на их новом месте. Проливной дождь, прошедший 3 сентября, очень сильно размыл горные дороги, но, несмотря на это, владыка Николай в сопровождении соборного протоиерея о. Александра Сердобольского прибыл в Косьмо-Дамиановскую обитель вполне благополучно. Радостный звон колоколов приветствовал вторичное прибытие в монастырь архипастыря, его преобразователя. Владыка был встречен монастырским духовенством со святым крестом, к нему навстречу вышли и все сестры обители.
В воскресенье, 5 сентября 1899 года, состоялось торжественное богослужение архипастыря. За литургией настоятельница монастыря матушка Варсонофия была возведена в сан игуменьи. При вручении ей жезла владыка Николай произнес глубоко назидательное слово: «Пастыреначальник Христос, раздающий в Своей церкви звания и чины, призывает ныне, чрез мою мерность и тебя, всечестная мать Варсонофия, к высшему для женщины служению в Своей церкви, возводя тебя на степень игумений сей обители. Отъемлет сей жезл от руки мужа и отдает в твои слабые руки. Приими же его как от руки Самого Господа и носи с достоинством, подобающим твоему сану! Что изрек Господь о сей обители ныне в пременении ее власти и состава — это для нас пока тайна; но, думаю, не ошибемся, если скажем, что и в сем случае, — как и в избрании Апостолов, — немощная мира избра Бог, да посрамит крепкая»;для чего же? — „Яко да не похвалится всяка плоть пред Богом» (1 Коринф. 1,27,29).
Да возрадуется же душа твоя о Господе, являющем к тебе и к сестрам твоим такую великую и богатую милость, и да будет радость ваша присно с вами! Чем выше положение в обществе, тем оно труднее, — тем скорби и печали острее и глубже. И враг человеческий — диавол старается сеять раздоры и вражду вокруг да около, устремляя свои разженные стрелы в стоящего наверху; и зависть людская не оставляет в покое избранного и превознесенного, стараясь забросать его грязью и всякою нечистотою, — словом сказать, — сплетни, клевета. Осуждение — вот что в большинстве случаев ожидает людей облекаемых высшей частью и высшей властью! Ко всему этому приготовься и ты, ибо и тебя, как и меня, и другого не мимоидет чаша сия. Помни, прежде всего, что Господь возвещает „горе» тем, кому все „добре» глаголют (Лк. 6, 26), и, напротив, всем гонимым за правду и поносимым имене Его ради — обещает Свое царствие. „Аминь, аминь глаголю вам, яко восплачетеся и возрыдаете вы, а мир возрадуется: вы же печальни будете, но печаль ваша в радость будет» (Ин. 16, 20). „Аше от мира бысте были, мир убо свое любил бы: яко же от мира несте, но Аз избрах вы от мира, — сего ради ненавидит вас мир». (Ин. 15, 19). — Во всех сих обстояниях и искушениях вооружись терпением. „И возведи печаль свою на Господа, ибо Он есть отмститель всяких неправд. Се бо есть угодно пред Богом, аще совести ради Божия терпит кто скорби, стражда без правды!» (1 Петр. 2,19). Чаще повторяй молитвенно псалом: „Боже, в помощь мою вонми ми» — и сама увидишь опытно, — как отрадно будет на душе после этого! — Сестер люби и будь благопопечительна о них, „не господствуя над наследием Божиим, но подавая пример стаду» (1 Петр. 5, 3). Пусть сестры твои идут к тебе, как дети к своей матери, разделят вместе с тобой и свои радости и свои печали, ища в тебе духовного назидания. Кратко сказать, все в обители вашей любовию да бывает!
Теперь к вам мое слово, сестры во Христе! Относитесь к своей матери-игуменье с любовью и послушанием, помня, что послушание, по слову Спасителя, паче поста и молитвы. Каково бы ни было „послушание», вам даваемое матерью-игуменией — „чистое» или „нечистое», — исполняйте его безропотно, ибо в нем есть путь ваш и к нравственному совершенству, и к достижению Царствия Божия. В терпении вашем — стяжите души ваша — скажу вам словами Спасителя.
Обитель — то же, что улей. Как там есть матка и сестры- пчелки, так и в обители: как там каждая пчелка трудится не для себя только, но и для всех других, — так должно быть и здесь. Пчелки только в улей носят, но не из улья; так должно быть и у вас: все вы должны трудиться только во имя своей обители и для нее одной.
Не забывайте, и особенно молитвенно, — и своей обители- матери -Топловской. Там вы все „полагали свое начало», там всех вас возродили и духом. Любите же эту обитель, радуйтесь ее радостями и скорбите ее скорбями.
Призри с небесе, Боже, и виждь и посети виноград сей, и утверди и, его же насади Десница Твоя. — Аминь».
При возглашении на молебствии многолетней, преосвященнейший Николай сам провозгласил многолетие игумений и сестрам обители. После богослужения состоялась общая трапеза. А потом владыка из обители проследовал через Алушту в Гурзуф для посещения пребывающего там высокопреосвященнейшего Иоанникия, митрополита Киевского.
Как и первый настоятель мужской киновии, первая настоятельница женского монастыря, матушка Варсонофия, непрестанно заботилась о нем, вместе с сестрами не щадила ни сил, ни здоровья на благо своей обители. Мудро управляя ею без малого 25 лет, она очень много сделала для благоустроения и украшения сего святого места.
Прежде всего был капитально отремонтирован главный, Косьмо-Дамиановский храм монастыря. Вместо разрушившейся каменной подпорной стены для укрепления террасы, где он находился, в 1903-1905 годах была возведена новая прочная на цементе и дорогостоящая. Все другие, имеющиеся раньше постройки также отремонтированы и приведены в образцовый порядок. Было выстроено несколько дополнительных келий, просфорня, хлебопекарня, рукодельня, прачечная, амбар с закромами для хранения муки, крупы и пр.. сенник на 1000 пудов. На принадлежащем же монастырю хуторе в с. Григорьевка, Перекопского уезда также построены для живущих там сестер постройки и приобретены новые земледельческие орудия для ведения сельского хозяйства. Кроме того, вследствие недостатка в воде, здесь был сооружен артезианский колодец, над которым впоследствии построено небольшое каменное здание.
Сестер в обитель постепенно прибывало все больше. Если вместе с матушкой Варсонофией из Топловского монастыря в августе 1899 года их пришло 25, то уже к концу этого же года стало 50, через 5 лет — 80, еще через 5 лет — 100, а к 1915 году в монастыре проживало более 120 насельниц, из которых 8 монахинь. 31 рясофорная послушница, 6 указных послушниц и 77 человек находились в обители на испытании пригодности к монастырской жизни.
В церквях, келиях, гостиницах соблюдалась безукоризненная чистота. Во всех зданиях монастыря по мере необходимости производилась замена полов, окон или дверей; их покраска и побелка как снаружи, так и внутри, а также общий ремонт стен и крыш.
Монастырь ежедневно давал приют многим приходящим, одевал, обувал и кормил около 100 человек, многим из которых не было места в миру и которые пришли в обитель как в последнее убежище. Бедным паломникам и богомольцам пища отпускалась бесплатно. С состоятельных же лиц плата за стол, разумеется постный, взималась сколько кто может, что записывалось в специальную книгу. Проживание в монастыре допускалось до 3 суток, но в исключительных случаях и, когда имелось свободное помещение в гостинице, дозволялось за условленную плату, с разрешения игуменьи, оставаться и на более продолжительное время. В десяти номерах гостиницы возле часовни в нижнем этаже бралось с занятой кровати по 25 коп., в верхнем — по 50 коп. в сутки. Вблизи гостиной находилась незатейливая крошечная лавочка, в которой в летнее время можно было купить чай, сахар, масло, изредка сыр. Другие продукты, в частности, яйца и рыбу, при необходимости паломники могли приобрести у сторожа охотничьего домика или лесников.
В женском монастыре находились на перевоспитании малолетние преступницы и беспризорные девочки. По Указу Св. Синода от 19 декабря 1900 года епархиальное начальство распорядилось размещать в обитель несовершеннолетних нарушителей уголовного кодекса по судебным приговорам на перевоспитание. Дети полностью находились на довольствии монастыря. Нужно ли объяснять, что их приобщали к доброму и светлому, лечили здесь их больные души. Кроме того, в монастырь принимались беспризорные девочки-сироты, которых также воспитывали и растили сестры обители. Об этом свидетельствуют документы Таврической духовной консистории за тот период.
В число сестер монастыря обыкновенно принимались лица (в основном из мещанского и крестьянского сословия) зрелого возраста, испытанные в течение многих лет своей благочестивой жизнью, либо молодые девушки, которых, по их расположению к монастырской жизни, привозили и определяли сюда сами родители, если они также были известны своими высокими нравственными качествами. Благодаря такой строгости, ошибок в выборе почти не бывало, и добровольное оставление обители являлось большой редкостью. Каждая из принятых в монастырь вверялась одной из опытных старших сестер с назначением ей соответственного по силам и способностям послушания. Если на протяжении нескольких лет убеждались, что она во всех отношениях удовлетворяла требованиям монастырской жизни, настоятельница ходатайствовала перед епархиальным начальством об определении ее в число действительных послушниц, а затем, спустя еще несколько лет, — и о разрешении облечь ее в рясофор. К пострижению же в монашество допускались преимущественно лица в преклонном возрасте и притом в виде особенной награды после многолетнего испытания.
Все свое время сестры посвящали молитве и труду, отдыхая только несколько часов в сутки, да и то с перерывами для молитвы. Трудились они с раннего утра до позднего вечера, выполняя разного рода работы по хозяйству: на кухне, хлебопекарне, просфорне, рукодельной, портняжной и башмачной мастерских, на огороде и скотном дворе: погребе, гостиницах и монастырском дворе. Матушки шили церковные облачения священникам, одежду и обувь сестрам; учились ткать ковры, вышивать и плести кружева. А на хуторе в с. Григорьевка сестры сеяли и убирали хлеб; заготавливали сено как для монастырского хозяйства, так и для продажи; работали на огородах и скотном дворе.
В монастыре также имелась иконная лавка, — здесь по общедоступной цене можно было купить иконки, образки, крестики, книги и брошюры духовнонравственного содержания, открытки и фотографические виды монастыря, другие церковные товары. За этим послушанием были закреплены опытные сестры — церковницы, лавочницы с несколькими помощницами, — всегда ответственно относящиеся к нему.
Любое послушание, какое-либо поручение или трапеза начинались, проходили и заканчивались молитвой. За общей же для всех трапезой сестрами читались жития святых и святоотеческие поучения. Кроме того, сестры пользовались для келейного прочтения духовными книгами из монастырской библиотеки, насчитывавшей более 200 томов. Для этой же цели монастырем выписывались периодические издания — «Таврические епархиальные ведомости» и «Церковные ведомости».
Богослужение в монастыре совершалось ежедневно со строгим соблюдением церковного устава в следующем порядке: вечерня с утреней в 4 часа вечера зимой и в 5 часов летом; правило в 8 часов вечера и в 12 часов ночи полуношница; под праздничные дни совершалось всеношное бдение в 5 часов вечера зимой и в половине шестого летом; литургия служилась в 8 часов утра, а в праздники — в 9 часов. По вторникам перед литургией читался акафист свв. бессребреникам и чудотворцам Косьме и Дамиану, а по субботам — Благовещению Пресвятой Богородицы, как и когда монастырь был мужским. На хуторе в с. Григорьевка богослужение совершалось в предпраздничные и праздничные дни — в 6 часов вечера служилось всенощное бдение, а в 8 часов утра — литургия. Кроме того, в монастыре сестрами ежедневно читался псалтирь с поминовением всех записанных в монастырском синодике.
По возможности все сестры монастыря обязательно присутствовали на воскресных и праздничных богослужениях, которые совершались особенно торжественно при стройном пении и чтении хорошо составленного клироса, состоящего из 20 сестер. Поддержание чистоты и порядка в храмах монастыря было поручено четырем наиболее аккуратным сестрам: двум пономаркам и двум церковницам, которым при необходимости давались в помощь для проведения общих уборок еще 2-3 матушки из числа послушниц на испытании.
По мере того как увеличивалось число насельниц монастыря, матушка Варсонофия стала обращаться в лесничество и управление государственным имуществом Таврической губернии с целью расширения земли вокруг обители. Однако в результате всех ее ходатайств и прошений монастырю выделялись лишь небольшие полянки вблизи него и только в аренду на непродолжительное время (на 1 год) для заготовки дров и выпаса скота.
Кроме того, игумения Варсонофия с самого начала была крайне озабочена вопросом о приобретении в г. Симферополе какого-нибудь земельного участка для устройства на нем монастырского подворья. Дело в том, что Симферополь находился почти на половине пути от монастыря до принадлежащего обители и отстоящего от нее и 100 верстах хутора «Порывай» в Перекопском уезде, и по делам своего хуторского хозяйства сестрам приходилось постоянно останавливаться в городе, чтобы покормить лошадей и отдохнуть в дороге или переночевать. Приходилось либо останавливаться на постоялых дворах, что для монахинь было и неудобно и требовало немалых расходов, или же нужно было договариваться с симферопольскими домовладельцами, прося у них приюта себе, кучерам, лошадям и экипажам.
