Прошли многие годы и даже десятилетия. Приблизился славный 1988 год, когда в Русской Православной Церкви торжественно отпраздновали 1000-летие Крещения Руси. И воспряли духом многие верующие православные христиане по всем городам и весям необъятной земли русской. Не остались в стороне и Алуштинские прихожане, по просьбе которых и с благословения правящего архиерея — владыки Лазаря — в Совете по делам религий при Кабинете Министров Украины 29 июля 1992 года был зарегистрирован Устав мужского монастыря свв. Мчч. Косьмы и Дамиана. Так началась новая история монастыря после многих лет забытья и неизвестности.
Спустя долгих 70 лет, 14 июля 1994 года, архиепископ Симферопольский и Крымский Лазарь вновь отслужил Божественную Литургию, на святом источнике, в сохранившемся здании часовни — в день памяти святых Косьмы и Дамиана — небесных покровителей обители.
И вот на это святое место вновь пришли люди, имеющие крепкую веру и надежду, что многими трудами и усердными молитвами Косьмо-Дамиановский монастырь будет восстановлен, здесь опять будут совершаться Богослужения и Благодать Божия снидет на землю сию.
По началу, первой братии возродившейся обители пришлось воспользоваться заброшенными зданиями заповедника, которые они сразу стали приводить в должный порядок. Жили они здесь и молились о том, чтобы Господь даровал свою помощь и благословил восстановить монастырь. При этом, сам монастырь оказался как бы между двух огней; потому как по одному закону заповедные земли нельзя передавать кому-либо в пользование, по другому же — государство обязано было вернуть Православной Церкви все, что когда-то у нее отобрало.
Но, несмотря на трудности и многие неудобства, братия святой обители не прекращали трудиться и совершать необходимые таинства и молитвы. Сперва, был оборудован временный храм в одном из зданий, который постепенно и стал основным монастырским и братским храмом. Также было приведено в должное состояние и нежилое здание для братского корпуса.
Радостным и весьма символическим событием для святой обители явилось возвращения в монастырь иконы Божией Матери «Иерусалимская» на престольный праздник 14 июля 1995 года. И возвращение храмовой иконы святых безсребренников и чудотворцев Косьмы и Дамиана в следующем году (14 июля 1996 года), когда множество паломников, посетивших обитель в сей день, смогли помолиться и приложиться к святым мощам Божиих угодников.
Восстанавливался монастырь по мере возможности, трудами братии и многих других верующих людей, помогавших святой обители. Постепенно налаживался монастырский быт и внутренняя монашеская жизнь. По благословению владыки Лазаря были обретены из-под спуда честные останки игумена Макария — первого настоятеля монастыря (7 мая 2001 года), который и перезахоронили рядом с существующим монастырским храмом.
В 2003 году (1 мая) святую обитель посетили с неофициальным визитом президент Украины Л. Д. Кучма и президент Российской Федерации В. В. Путин. Высокопоставленные гости ознакомились с историей монастыря, посетили часовню, поставили свечи, выразили добрые пожелания в дальнейшем его восстановлении.
При Косьмо-Дамиановском монастыре были открыты два подворья: одно в пгт. Партенит с храмами во имя преподобного Иоанна Готского и Пресвятые Богородицы «Всецарицы»; другое в с. Запрудное с строящимся храмом священномученика Порфирия. Кроме того монастырем окормляется приход в с. Лавровое с храмом в честь преподобномученика Антония и часовня во имя святой мученицы Людмилы на кладбище вблизи с. Запрудное.
Ныне в святой обители, по благословению наместника монастыря и трудами братии полностью переоборудован монастырский храм во имя «Иерусалимской иконы» Божией Матери, отремонтирован и приведен в порядок братский корпус, хорошо благоустроенна территория монастыря.
Также необходимо упомянуть и об особо почитаемых днях и праздниках святой обители. Это конечно же сам день памяти свв. мчч. Косьмы и Дамиана — 14 июля — Престольный праздник монастыря, когда совершается торжественное Архиерейское Богослужение во главе с Митрополитом Симферопольским и Крымским Лазарем, в сослужение многих священников и в присутствии великого множества паломников, прибывших в этот день соборно помолиться, почтить память святых угодников Божьих, попросить их о ходатайстве в исцелении духовных и телесных недугов. Другой день, когда особо возносятся молитвы в нашей святой обители — это праздник Господнего Преображения (19 августа). В этот день обычно совершается Божественная Литургия под открытым небом на фундаменте разрушенного Преображенского храма. Еще в монастыре сугубо чтится день памяти «Иерусалимской иконы» Божией Матери (25 октября). Братия всегда ждет всех верующих православных христиан и тех, кто только делает первые шаги по своему вхождению в Православную Церковь, посетить в эти дни святую обитель и принять участие в совместной соборной молитве и приобщиться святости сего места.
