по окончании Крымской войны у незабвенного владыки Иннокентия начались новые заботы о возобновлении и устройстве храмов и монастырей в Тавриде. В 1856 году дело, давно начатое святителем, — устройство киновии у источника свв. Косьмы и Дамиана — пошло быстрым ходом.
Вскоре после окончания военных действий в Крыму, в июле 1856 года, из Бахчисарайского Успенского скита сюда был командирован первый строитель киновии иеромонах Макарий с монахом Игнатием для строительства здесь церкви, других необходимых зданий, а также для удовлетворения религиозных нужд богомольцев.
По прибытии к источнику иеромонах Макарий и монах Игнатий сразу же принялись за устройство малой деревянной церкви по рисунку, переданному владыкой Иннокентием. Пока церковь еще не была устроена, братия сходилась для пения вечерни и повечерия, полунощницы, утрени и часов в одну из комнат существовавшей странноприимницы. Несмотря на трудность и продолжительность работ, производившихся ежедневно по устройству обители, правило это соблюдалось постоянно и неизменно. Только в праздничные и воскресные дни братия грустила без служения литургии. Это обстоятельство очень беспокоило отца Макария, и он направлял все свои усилия к скорейшему устройству церкви в обители. Нашлись и благоспешники в этом святом деле; многие из жителей г. Симферополя помогли будущему монастырю своими пожертвованиями в деле храмоздательства, и уже через год над источником, вместо бывшей часовни, была построена маленькая деревянная церковь.
К сожалению, архиепископ Иннокентий не дождался этого желанного события. Скорая смерть лишила его утешения увидеть созданную им киновию в этом особенно любимом им месте. 26 мая 1857 г., вдень Святой Троицы, владыка коленопреклоненный тихо скончался. В своем завещании он оставил крымским обителям 100 акций Общества пароходства и торговли по Черному морю, которые были разделены между Бахчисарайским Успенским скитом и киновиями. На долю Косьмо-Дамиановской киновии пришлось девять акций, которые были проданы, а на вырученные от продажи пять тысяч рублей приобретены 5-процентные государственные билеты. Процентные отчисления с этого капитала и шли на содержание обители.
В 1997 году архиепископ Херсонский и Таврический Иннокентий причислен клику святых. Он был основателем новых и восстановителем древних монастырей и храмов, строгим аскетом и подвижником, постоянно заботившимся о процветании монашества. Ныне предстоит угодник Божий Иннокентий в лике святительском, в незаходимой славе Небесной, ходатайствуя пред Господом за те обители, которым он при своей земной жизни уделял так много сил и внимания.
Продолжил дело владыки Иннокентия на Херсонской кафедре архиепископ Димитрий (Муретов). 31 июля 1857 года настоятель Бахчисарайского Успенского скита архимандрит Николай сообщил новому владыке о том, что малая деревянная церковь во имя свв. Косьмы и Дамиана при источнике с Божьей помощью построена и испрашивал разрешения на освящение сего храма, добавляя при этом, что по усердию получивших исцеление при источнике, церковь эта утварью будет очень богата. 7 августа 1857 года разрешение на освящение новоустроенного храма в Косьмо-Дамиановской киновии было получено и уже 5 сентября того же года он был освящен тем же архимандритом. 10 сентября 1857 года первым настоятелем Косьмо-Дамиановской киновии назначается иеромонах Макарий, тот самый, который командировался туда в прошлом году для благоустройства этой киновии, и, таким образом, обитель свв. Косьмы и Дамиана получила окончательное административное устройство. С этого времени для иеромонаха Макария начинаются особенные труды и подвиги, приобретшие ему большое уважение и любовь всех, кто его знал. Ведь кроме небольшого домика для приюта богомольцев, в котором временно разместились первые поселенцы, и храма Косьмы и Дамиана, устроенного им в первую очередь, в киновии не было ни денежных средств, ни провизии, ни лошадей, ни келий для братии.
Необходимо было не только рубить лес, но и сравнивать значительные части гор, киркой и заступом завоевывать необходимые места для возведения на них нужных обители зданий. Срубленные же в лесу деревья для построек доставлялись самими насельниками обители большей частью на своих плечах, потому что теснота ущелий и крутизна гор не позволяли использовать для этого лошадей или волов.